تعاونت الوكالة مع عدد من الشركات المصرية العاملة في أفريقيا منها المقاولون العرب، وشركة النصر للاستيراد والتصدير، وشركة القلعة وشركة نيوميد بهدف تعزيز استثماراتها في إفريقيا.
تعاونت الوكالة مع أكبر الشركات الدولية بمجال تكنولوجيا المعلومات وأهمها شركتي "ميكروسوفت" و"أي بي م" بهدف استكشاف فرص التعاون في مجال التدريب وبناء قدرات الكوادر الأفريقية
تتعاون الوكالة مع عدد من المراكز التدريبية المتميزة على المستويين الإقليمي والدولي والتي تشمل على سبيل المثال
- المركز المصري الدولي للزراعة
- مركز الإسكندرية الإقليمي لصحة وتنمية المرأة
- مركز التدريب والاستشارات البحثية "بكلية التمريض جامعة القاهرة
- معهد الدارسات الدبلوماسية
- معهد الدراسات والبحوث التربوية
- المركز القومي لبحوث المياه
- معهد بحوث الهيدروليكا
- المركز الإقليمي للموارد المائية
- مركز تدريب التجارة الخارجية
- الشركة القابضة لكهرباء مصر
- مركز الدراسات البحثية للغة العربية
- مركز الدكتور مجدي يعقوب لأمراض القلب
- مركز الدكتور محمد غنيم لأمراض الكلى والمسالك البولية
- كلية طب جامعة قناة السويس
- جامعة الفيوم
- هيئة الطيران المدني، وغيرها