أعلن السيد الرئيس عبد الفتاح السيسي، خلال مشاركة سيادته في قمة الاتحاد الإفريقي في مالابو في يونيو 2014، عن بدء عمل الوكالة المصرية للشراكة من أجل التنمية رسمياً في الأول من يوليو 2014.

يأتي قرار إنشاء الوكالة، بدمج الصندوق المصري للتعاون الفني مع إفريقيا مع الصندوق المصري للتعاون الفني مع دول الكومنولث (بموجب قرار السيد رئيس مجلس الوزراء رقم 959 لسنة 2013)، انعكاساً لرغبة القيادة السياسية في تعظيم تواجد مصر في الدول الأفريقية والإسلامية وتعميق صلاتها معها، وتقوية روابطها بتلك الدول، ودعم جهودها في تحقيق التنمية المستدامة.