البنك الأفريقي للتنمية :
يستند التعاون مع البنك الإفريقي للتنمية إلي مذكرة التفاهم الموقعة بين الصندوق الإفريقي للتعاون الفني مع إفريقيا والبنك في 1998. ، وتسعى الوكالة لدعم التعاون مع البنك من خلال إيجاد آفاق جديدة للتعاون إلى جانب مجالات العمل التقليدية المتمثلة في إيفاد الخبراء، وتنظيم الدورات التدريبية، لتشمل التعاون في مجالات الصحة، ودعم القطاع الخاص المصري بأفريقيا.
البنك الإسلامي للتنمية :
- تهتم الوكالة بالتعاون مع البنك الإسلامي للتنمية كونه أحد أكثر المؤسسات المالية مرونة في دعم التنمية في إفريقيا، ومن أقدم الشركاء التنمويين الداعمين للصندوق المصري للتعاون الفني مع أفريقيا، وتستند الوكالة في تعاونها مع البنك إلى عدد من مذكرات التفاهم التي سبق للصندوق المصري للتعاون الفني مع أفريقيا توقيعها مع البنك، وتم تحديث إطار التعاون مع البنك بتوقيع الأمين العام لمذكرة تفاهم مع رئيس مجموعة البنك لدعم الشراكات، والتعاون، وتبادل الخبرات ، وذلك في مدينة جدة (19/4/2015). سمحت مذكرة التفاهم المذكورة بتقديم البنك لدعم مالي لأربع من الدورات التدريبية في مجاليّ الزراعـة، والصحة .
- كما سعت الوكالة لتوسيع أفاق التعاون ليشمل مجموعة البنك الإسلامي للتنمية والتي تشمل(المعهد الإسلامي للبحوث والتدريب-المؤسسة الإسلامية لتأمين الاستثمار وائتمان الصادرات-المؤسسة الإسلامية لتنمية القطاع الخاص-المؤسسة الدولية الإسلامية لتمويل التجارة-صندوق التضامن الإسلامي).
الوكالة اليابانية للتعاون الدولي (الجايكا) :
- وقعـت مصر اتفـاقًا إطاريـًا مـــع اليابان عـام 1998 للتعاون الـثلاثي في أفـريقيا ، واسـتـمر تــــنـفيذ أنـــــشطــــــة التـعـــــاون المــــشتركة طــــوال الـسنوات الـــماضية مــن جـانب الـصــندوق المـصري لـلتعاون الـفني مـع أفـريقيا، ومع إنشاء الوكالة المصرية استمر التعاون مع الوكالة اليابانية للتعاون الدولي (الجايكا) خاصة في مجال تنظيم الدورات التدريبية للكوادر الإفريقية.
- إضافةً إلى ما تقدم، بدأت الوكالة اتصالات متنوعة بهدف استكشاف آفاق للتعاون الثلاثي مع الدول المهتمة بالعمل في إفريقيا، مثل السعودية والإمارات والبحرين والكويت وعمان، والصين والهند وكوريا الجنوبية والمكسيك والأرجنتين وايرلندا وتايلاند.
- تسعى الوكالة لتوسيع دائرة شركائها التنمويين بهدف تعزيز تواجد القطاع الخاص المصري في أفريقيا من خلال تسهيل التعاون بين الأخير ونظرائه في الدول الآسيوية واللاتينية ذات النشاط الاقتصادي البارز في أفريقيا.
الصندوق العربي للمعونة الفنية للدول الأفريقية التابع لجامعة الدول العربية :
استمر التعاون بين الوكالة والصندوق بناءً على مذكرة التفاهم المُوَقعة مع الصندوق المصري لـلتعاون الفني مع أفريقيا عام 1998، وقام الصندوق بتمويل دورات تدريبية بالمشاركة مع الوكالة في مجالات الدبلوماسية والصحة.