تهدف الوكالة للبناء على الاتفاقيات التي أبرمها الصندوق المصري للتعاون الفني مع أفريقيا (EFTCA)، والصندوق المصري للتعاون الفني مع الكومنولث (EFTCC) والدول والمنظمات، كما تسعى لتوسيع وتنويع شراكاتها مع العديد من الهيئات والدول المهتمة بالعمل في مجال التنمية المستدامة لضمان تحقيق أفضل استفادة ممكنة من الموارد المتاحة.
وفي هذا الصدد، تهتم الوكالة بمبادرات التعاون الثلاثي مع عدد من الدول ومؤسسات التنمية، وعلى رأسها بنك التنمية الأفريقي، والبنك الإسلامي للتنمية، والصندوق العربي للمساعدة الفنية للبلدان الأفريقية، ومنظمة الأغذية والزراعة (الفاو) التابعة للأمم المتحدة، والوكالة اليابانية للتعاون الدولي (جايكا).