تهدف الوكالة إلى المساهمة في تعزيز جهود مصر في مجال التعاون الدولي، خاصةً التعاون بين دول الجنوب، في المجالات ذات الصلة بالتنمية المستدامة في الدول الأفريقية والإسلامية، من خلال تقديم دعم فني في مختلف المجالات، وبرامج لبناء القدرات، ودورات تدريبية، ومعونات إنسانية، ومساعدات طارئة، بالإضافة إلى تنظيم ندوات، وزيارات ميدانية.

تعمل الوكالة علي تعزيز التعاون جنوب/جنوب، والتعاون الثلاثي، من خلال دعم مجالات العمل التي تُمثل أولوية بالنسبة للدول المُستفيدة. ولتحقيق ذلك، تتعاون الوكالة مع وكالات الأمم المتحدة، والمنظمات الإقليمية والدولية، والهيئات متعددة الأطراف، والمؤسسات، وشركاء التنمية الآخرين، والقطاع الخاص. كما تبرم الوكالة اتفاقيات ثنائية وثلاثية مع مختلف شركاء التنمية بهدف توسيع نطاق عملها، وحشد موارد مالية إضافية.

تقوم الوكالة كذلك بدعم جهود الدول الإفريقية في تنفيذ أجندة أفريقيا 2063، وفي تحقيق أهداف الألفية للتنمية؛ وتسعي لمساعدتها علي تحقيق أجندة تنمية الأمم المتحدة لما بعد 2015، بما في ذلك أهداف التنمية المستدامة، خاصةً الأهداف الخاصة بالصحة، والتعليم، وتمكين المرأة.