La politique générale de l'AEPD est définie par un conseil de directeurs présidé par le Ministre des Affaires Etrangères. Il inclut, également le ministre adjoint des affaires étrangères pour les affaires africaines, ainsi, qu'un nombre d'assistants au ministère chargé des décisions nécessaires pour la réalisation des objectifs de l'AEPD.

L'AEPD est dirigée par un Secrétaire Général, nommé par le Ministre des Affaires Étrangères.
Le siège de l'Agence se trouve au sein du Ministère des Affaires Étrangères au Caire, en Egypte.