L'Agence encourage la coopération triangulaire par le biais de ses partenariats avec un certain nombre de pays et d'institutions de développement et principalement avec : la Banque Africaine pour le Développement (BAD), la Banque Islamique pour le Développement (BID), le Fonds Arabe pour l'Assistance Technique aux Pays Africains, l'Organisation pour l'Alimentation et l'Agriculture (FAO) et l'Agence Japonaise de Coopération Internationale (JICA).
L'objectif de l'AEPD est de se fonder sur les conventions et les accords précédemment conclus par le Fonds Egyptien pour la Coopération Technique avec l'Afrique (FECTA), le Fonds Egyptien pour la Coopération Technique avec les Etats du Commonwealth (FECTEC; ainsi que les pays et organisations partenaires. L'Agence vise, également, à établir avec d'autres pays et organisations des partenariats axés sur le développement afin de mieux remplir sa mission.